Adel Theodor Khoury partit ensuite en Allemagne où il publia plusieurs livres, enseigna la théologie à l’université de Münster, et organisa des réunions de dialogue interreligieux.
Il publia en 2001, une traduction du Coran en allemand et des livres sur l’islam et les musulmans, comme le « Christentum und Christen im Denken zeitgenössischer Muslime » où il présente les différences idéologiques entre l’islam et le christianisme, un livre sur le djihad en islam et d’autres livres sur la biographie du prophète (as) et les points communs entre les deux religions.
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