در این مسجد، علاوه بر اقامه نمازهای یومیه و نماز جمعه، اعیاد و مراسمهای دینی و مذهبی و دورههایی در زمینه آموزش علوم دینی و حفظ قرآن کریم به علاقهمندان انجام میشود.
مسجد علی بن ابیطالب(ع) همچنین، حلقه اتصال میان شهروندان جزیره جاوه اندونزی با نهادهای دینی این منطقه بهمنظور کسب علوم دینی خواهد بود و تأسیس این مسجد شهروندان اندونزیایی را در حمایت از فعالیتهای دینی تشویق میکند.
این مکان دینی ـ عبادی همچنین مرکزی برای گسترش علم و دانش، آموزش کتاب خداوند و ترویج آموزههای قرآن میان ساکنان این منطقه خواهد بود و در تحکیم و نهادینهکردن ارزشها و اصول اسلامی در میان مردم بسیار تأثیرگذار است.
تأسیس این مسجد در کشور اندونزی بهعنوان پرجمعیتترین کشور اسلامی امری بسیار مهم و ضروری بهشمار میرود.