بنای تاریخی خواجه خضر در شهر بیرجند، روبروی مدرسه شوکتیه قرار دارد. این بنا از معدود بناهایی با کاربری مسجد و آرامگاه بوده که در عصر قاجار احداث شده و پلان تک ایوانی، تزئینات آجرکاری و رسمی‌بندی ایوان از ویژگی‌های منحصر به‌فرد آن به‌شمار می‌آید. درباره تاریخچه بنای خواجه خضر روایات بسیاری وجود دارد و نظریات گوناگونی بیان شده است، اما با توجه به شواهد موجود به‌نظر می‌رسد، این بنا دو بانی به نام‌های خواجوی و منصف داشته و زمان ساخت آن به عصر قاجاریه برمی‌گردد.

یكی از پیشینه‌های ارزشمند استان خراسان‌جنوبی مدرسه شوكتیه است كه بعد از دارالفنون تهران و رشدیه تبریز به‌عنوان سومین مدرسه نوین ایران در شهر بیرجند سر برآورد تا مردان نامداری را سرآمد جهان كند. مدرسه «شوکتیه» به‌عنوان سومین مدرسه نوین ایران، سهم قابل توجهی در غنای علمی و فرهنگی بیرجند، خراسان بزرگ، شرق و دیگر مناطق کشور داشته و برخی از دانش‌آموختگان آن در سطح ملی و بین‌المللی درخشیده و خدمات شایانی را به جامعه علمی تقدیم کردند. از جمله این بزرگان می‌توان به پروفسور محمدحسن گنجی پدر علم جغرافیا و دانشمند برتر هواشناسی، غلامحسین شكوهی پدر علم تعلیم و تربیت ایران، كاظم معتمدنژاد پدر علوم ارتباطات نوین ایران و مهدی بلالی‌مود پدر علم سم‌شناسی ایران اشاره کرد. این بنای تاریخی با معماری درونگرای ویژه مناطق بیابانی گرم و خشک انطباق كامل با اقلیم منطقه دارد. شوكتیه در سال 1312 هجری قمری به دستور امیر اسماعیل‌خان شوكت‌الملک با هدف برپایی مراسم عزاداری ابا‌عبدالله‌الحسین(ع) ساخته شد و سال 1326 ابراهیم‌خان شوكت‌الملک كاربری ساختمان را تغییر داد و یكی از اولین مدارس آموزش علوم نوین را با الگوگیری از مدرسه دارالفنون در این ساختمان تأسیس كرد. مدرسه شوکتیه به سبک معماری کویری ایران به‌صورت چهار فصل ساخته شده است که از یک فضای مرکزی به‌صورت حیاط و بخشی پیوسته دور تا دور آن تشکیل شده است. مدرسه شوکتیه بنایی تک ایوانی است، که ایوان آن بلند و زیبا است و این بنا دارای هشتی، دهلیزها، ایوان، حجره‌هایی در اطراف حیاط، شاه‌نشین، حمام است. این مدرسه در سال ۱۳۵۶ با شماره ۱۳۷۱ در فهرست آثار ملی کشور به ثبت رسیده است.

حسینیه امام رضا(ع) بیرجند یا همان مدرسه شوکتیه چند سالی است که میزبان شبانه‌روزی حافظان قرآن کریم شده است. مؤسسه بیت‌الاحزان حضرت زهرا(س) شعبه خراسان‌جنوبی اکنون آموزش گروه‌های 13 تا 23 سال را در این مکان به عهده دارد و افراد از استان‌های مختلف در این مرکز آموزش می‌بینند.